Свое начало история Иоанно-Предтеченского храма в г. Мытищи ведет с 2002 года, когда по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия священнослужителями был установлен и освящен поклонный Крест на месте разрушенной в годы советской власти Иоанно-Предтеченской часовни и прилегающего к ней источника.  

Святой Иоанно-Предтеченский источник расположен на реке Работня, где раньше находилась деревня Рупасово, упоминаемая в летописях XV в.

До 1980 года жители Рупасово пользовались чистейшей родниковой водой, которая имела необычный вкус. Вода в роднике была голубого цвета, так как проходила через слои голубой глины. 

С началом строительства Олимпийского проспекта деревню Рупасово снесли.

Строительные работы по возведению храма велись при участии строительной организации ЗАО «ВестСтрой».

Заказчиком выступила Местная религиозная организация православный приход Успенского храма д. Витенево Мытищинского района.

Архитектор - Вячеслав Ижиков.

А источник расчистили и благоустроили трудами прихожан мытищинских храмов и неравнодушных жителей г. Мытищ. 

В мае 2012  закончены монолитные фундаменты и ведутся работы по возведению кирпичных стен.

В августе 2012 состоялось знаменательное событие в жизни храма – торжественное возведение золоченого купола над храмом.

После того, как был поднят купол, и храм получил свое внешнее завершение, начались внутренние работы: отделка подкупольного пространства, установка окон, дверей, проведение отопления, электричества и пр.

5 мая 2013 года был совершен первый молебен в храме.

В июне 2013 года строящийся храм посетил епископ Серпуховской Роман, настоятели церквей Мытищинского благочиния, а также представители администрации Мытищинского района во главе с главой района Виктором Азаровым.

11 сентября 2005 года состоялось долгожданное событие в жизни храма – было совершено освящение храма и совершена первая божественная литургия.

После освящения храма не прекращается работа по его благоустройству. Был сделан великолепный резной иконостас.